Patlayan nükleer bombanın etkisiyle Dünya sulara gömülmüş, sadece bir tek kara parçası yeryüzünde kalmıştı. Conan, işte bu adada dünyaya gelmiş ve dedesiyle birlikte yaşıyordu. Birgün sahilde Lena adında bir kız bulmuştu. Sonra kötüler bu kızı kaçırınca, Conan Lena'nın peşinden gidip, diğer insanları aramaya koyulmuştu..
